Trường THCS và THPT M.V. Lômônôxốp được thành lập nhờ chủ trương đa dạng hóa các loại hình đào tạo của Bộ Giáo dục và Đào tạo cùng với sự chỉ đạo, giúp đỡ của Đảng ủy và Ban Giám hiệu Trường Đại Học Sư Phạm Ngoại Ngữ Hà Nội - ĐHSPNNHN (nay là Đại học Ngoại ngữ-Đại học Quốc gia Hà Nội).
Ngay từ năm 1988, Bộ GD&ĐT cho phép mở các lớp hệ B bên cạnh các lớp hệ A (được tuyển theo chỉ tiêu của Bộ GD&ĐT, học sinh được học bổng) của những lớp PTCNN nhằm đào tạo học sinh có năng khiếu ngoại ngữ, thuộc trường ĐHSPNNHN.
Tháng 10/1988 Bộ GD & ĐT cho phép tuyển các lớp 10 đầu tiên của hệ đóng học phí ngoài chỉ tiêu hàng năm tuyển sinh chuyên ngoại ngữ.
Năm 1989, Sở Giáo dục Hà Nội (GDHN) cho phép mở những lớp cấp 2 dân lập đặt tại các lớp PTCNN thuộc Trường ĐHSPNNHN theo Quyết định số 808/QĐ-KH ngày 04 tháng 10 năm 1989 của Giám đốc Sở GD&ĐTHN.
Ngày 02/01/1990 hai lớp 6 dân lập đầu tiên được khai giảng làm cơ sở cho thành lập trường bán công sau này. Từ tháng 10/1988 đến hết tháng 5/1992 những lớp ngoài công lập đặt tại các lớp PTCNN thuộc Trường ĐHSPNNHN đã có tới 15 lớp với 685 học sinh. Ban Phụ trách các lớp PTCNN quản lý những lớp này.
Khi các lớp ngoài công lập đặt tại PTCNN có 21 lớp với 943 HS, lãnh đạo các lớp chuyên đã đề nghị ĐHSPNNHN xin các cơ quan chức năng cho thành lập trường Phổ thông bán công cấp 2-3 Chuyên ngoại ngữ Hà Nội. Đề nghị này đã được UBND thành phố Hà Nội chấp thuận và ra Quyết định số 1324/QĐ-TCCQ ngày 10/6/1992 thành lập trường, trong Quyết định có cử Thầy Nguyễn Phú Cường làm Hiệu trưởng.
Ngày 24/7/2003, UBND Thành phố Hà Nội ra Quyết định số 4285/QĐ-UB đổi tên trường Phổ thông Bán công cấp 2-3 Chuyên Ngoại Ngữ thành trường THPT Bán công Chuyên Ngoại Ngữ Hà Nội cùng với 88 trường khác của TP.
Sau khi thành lập, trường có 6 năm ở trong địa giới ĐHSPNNHN rồi mới chuyển ra phường Quan Hoa - quận Cầu Giấy, thuê đất, mua nhà khung thép UNICEF, kêu gọi giáo viên góp vốn dựng trường tại các địa điểm ở quận Cầu Giấy.
Giai đoạn này Trường đã nổi tiếng HN về chất lượng đào tạo, là trường đầu tiên của Hà Nội có hình thức bán trú và ô tô đưa đón HS, trường đi đầu tại HN kết nghĩa với trường ở Pháp, Mỹ trao đổi HS và GV để học tập & giao lưu. Trường còn tích cực tham gia các hoạt động thay sách giáo khoa, dạy mẫu khi nhóm GV của trường tham gia dạy trên VTV2, viết sách xuất bản thành tài liệu tham khảo cho HS & GV cả nước, được bằng khen của Bộ trong đóng góp đổi mới phương pháp về thay SGK mới. Tháng 10/2003 Trường đã có 85 lớp với 2142 HS.
Cũng trong giai đoạn này hình thành các tổ chức chính trị trong trường như thành lập Chi bộ Đảng CSVN, Công đoàn giáo dục, Đoàn TNCSHCM trường và Liên chi Đội TNTPHCM.
Đây chính là giai đoạn Trường THCS và THPT M.V. Lômônôxốp ngày nay được thành lập và hoạt động với tên gọi: Trường Phổ thông Bán công Chuyên Ngoại ngữ trong suốt 11 năm 4 tháng.
Ngày 26/11/2003, UBND Thành phố Hà Nội ra Quyết định số 7136/QB-UB xác định lại và đổi tên Trường THPT Bán công Chuyên Ngoại Ngữ thành Trường THPT dân lập Lômônôxốp, UBND Thành phố Hà Nội ra Quyết định số 7176/ QĐ-UB công nhận ông Nguyễn Phú Cường giữ chức vụ Hiệu trưởng trường THPTDL Lô-mô-nô-xốp.
Thời gian này lãnh đạo trường đã làm dự án và thành công xin đất tại Khu đô thị Mỹ Đình 2 - Từ Liêm - Hà Nội, vay vốn ưu đãi, xây trường và làm thủ tục xin các ưu đãi về đất, thuế, có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Ngày 15/01/2005, Trường đã làm Lễ khánh thành ngôi trường mới, với sự chứng kiến của đại diện Thành ủy, Huyện ủy, UBND, Sở GD&ĐT, Phòng GD&ĐT Quận Cầu Giấy và Huyện Từ Liêm. Từ đây trường ổn định lâu dài tại địa điểm này.
Trường tiếp tục truyền thống kết nghĩa với trường ở Thụy sĩ để đưa HS & GV sang học tập, giao lưu; trở thành trường PT đầu tiên của HN đưa người nước ngoài vào giảng dạy theo chương trình bổ trợ tiếng Anh PT (được phép của Sở GD&ĐTHN), nhiều lần đạt trường tiên tiến xuất sắc, lãnh đạo thành phố tới thăm. Tháng 10/2011 trường có 85 lớp với 2142 học sinh.
Như vậy, sau 8 năm hoạt động với tên gọi Trường THPT Dân lập Lômônôxốp, tới tháng 11/2011 trường nằm trong tốp đầu tiên của giáo dục Hà Nội chuyển sang mô hình tư thục theo Quyết định số 5665/QĐ-UBND ngày 15/11/2010 của UBND thành phố Hà Nội.
Từ tháng 3/2014 Thạc sĩ Nguyễn Quang Tùng là Hiệu trưởng của trường đến nay.
Ngày 06/10/2015, UBND thành phố Hà Nội đã ra Quyết định số 5009/QĐ-UBND đổi tên Trường THPT M.V. Lô-mô-nô-xốp thành Trường THCS và THPT M.V. Lô-mô-nô-xốp, vẫn giữ nguyên sự điều hành Chủ tịch HĐQT, Hiệu trưởng và Phó HT của trường.
Từ năm 2016 đến nay Nhà trường liên tục sửa chữa nâng cấp, tăng diện tích sử dụng các nhà D, C, A, E, F. Nhà trường tham gia kiểm định chất lượng GD 2016-2021, được Sở GD&ĐT cấp Giấy chứng nhận đạt cấp độ 3 (là cấp độ cao nhất); Trường đạt các tiêu chuẩn trường xã hội hóa của Chính phủ và Sở GD&ĐTHN đã cấp Giấy chứng nhận trường xã hội hóa từ năm 2016. Trường đã sớm xây dựng chương trình nhà trường, một trọng điểm của ngành GD mà nhiều trường đang phấn đấu; từ đó các đổi mới về phương pháp dạy học, tư duy dạy học, tư duy giáo dục đạo đức học sinh của trường đều đi trước một bước. Mỗi năm đều có một chủ điểm mới, chú trọng hoạt động trải nghiệm, dạy kỹ năng sống. Xây dựng các Chương trình Quốc tế, được CMHS ủng hộ: Tin học quốc tế IIG, Tài chính quốc tế JA, Tiếng Anh các lớp OEA được tăng cường Chương trình học thuật nhằm đạt đích chứng chỉ Quốc tế: KET, PET, IELTS (Trung học). Đã tổ chức trải nghiệm giao lưu trại hè Quốc tế trong các dịp hè ngày càng uy tín và an toàn. Thực hiện tốt Dự án tiếng Đức theo chương trình Trường học-đối tác của tương lai của chính phủ Đức ở trung học.
Trường đã làm tốt và sâu sắc triết lý giáo dục “Nhân văn - Khai phóng” là nền tảng cốt lõi để xây dựng Trường học hạnh phúc, xây dựng Văn hóa trường học. Thư viện của trường liên tục đạt chuẩn Thư viện xuất sắc thành phố. Chi bộ hoàn thành tốt nhiệm vụ và phát triển đều đặn theo kế hoạch, nhiều lần đạt Chi bộ TSVM; Công đoàn tập hợp được lực lượng người lao động sống vui vẻ đoàn kết, động viên mọi người gắn bó với Nhà trường hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ từng năm học; Đoàn Thanh niên đã được Trung ương Đoàn nhiều lần khen thưởng; Ban đại diện Cha mẹ học sinh hoạt động rất trách nhiệm và tích cực, đồng hành với Nhà trường trong mọi công tác giáo dục học sinh, Ban đại diện này đã được nhiều nơi thăm hỏi và học tập.
Nhà giáo ưu tú Nguyễn Phú Cường – Chủ tịch Hội đồng Trường
